电池负极侧的氢电极（燃料电极）进入氢气，正极侧的氧化电极（空气或氧气）进入空气或氧气。正负极之间没有电解质，电解质将两极分开。根据燃料电池类型，使用不同的电解质，包括酸、碱、熔盐或固体电解质。在燃料电池中，燃料和氧化剂与催化剂反应，通过能量转换过程中的电化学反应产生电能和水（H2O）。因此，不会排放氮氧化物（NOX）、碳氢化合物（HC）和其他污染大气环境的气体。
燃料电池与普通电池的区别在于：
1.燃料电池是一种能量转换装置，其在运行期间必须输入能量（燃料）以产生电能。普通电池是一种储能装置。它必须首先将电能存储在电池中。它只能在运行期间输出电能，而不需要在运行期间输入能量或产生电能。这是燃料电池和普通电池的本质区别。
2.一旦确定了燃料电池的技术性能，其所能产生的电能仅与燃料供应有关。只要供应燃料，就可以产生电能，并且其放电特性是连续的。普通蓄电池的技术性能确定后，只能在其额定范围内输出电能，只能在反复充电后重复使用。其放电特性是间歇性的。
3.燃料电池主体的质量和体积不大，并且这种燃料存储装置或燃料转换装置和辅助装置的质量和体积远大于燃料电池本身。在工作过程中，燃料随着燃料电池电能的产生而逐渐消耗，质量逐渐减少（指船上的有限燃料）。普通电池没有其他附加设备。在确定技术性能后，电池的质量和体积基本保持不变，无论是充满电还是放电。
4.燃料电池将化学能转化为电能，普通电池也将化学能转换为电能这是它们的共同特点。然而，当燃料电池产生电能时，参与反应的反应物在反应后被持续消耗，不再被重复使用。因此，必须连续地进入反应物。普通电池的活性物质随着电池的充电和放电而变化。活性物质经历反复可逆的化学变化。活性物质不消耗，只需要添加一些电解质和其他物质。
